アセルスのエンディングを決定する条件は、
１．ジーナがさらわれたことを確認後彼女を救出、具足には何も憑依させない・・・人間エンディング
２．ジーナがさらわれたことを確認せずに針の城へ行き救出、具足には何も憑依させない・・・半妖エンディング
３．具足に憑依させてクリア・・・妖魔エンディング

上の３通りが基本となります。例えば１と２、１と３、２と３、１と２と３のそれぞれを満たした場合のエンディングは、僕も前に試してみたことがあったんですが、複雑になり思い通りのエンディングが見られなくなってしまいました。
みかげさんの場合、ジーナのことを知り救助後セーブされたということで、上の１番の条件を満たした事になり人間エンディングを見る事になります。もしみかげさんがジーナのことを知る前のセーブデータで、条件を変えてクリアして（２番の条件）半妖エンディングになったんだとしたらそれはバグではないと思います。その後憑依させてからクリアした、とありますが例えば１番あるいは２番、またはその両方の条件を満たしたセーブデータで憑依させてクリアしたのであれば、上記の通り複雑な設定になってしまい、期待するエンディングがみられなかったのだと推測されます。
確実に全てのエンディングを見たい場合は、憑依させずにファシナトゥールに潜入する前のデータを保存しておくのが良いかと思います。