> ・ポリゴン欠けが起こりにくくなり、描画速度が多少改善
> 　している（処理落ちし難くなった？）

これは一目瞭然でしたね。(^^;

> ・グラデーションが綺麗になった

これは、分かるタイトルをプレイすれば解りますね。

> ・初期のゲームをやるとムービーでブロックノイズが目立
> 　つような気がする。（描画チップのロジックが変った？）

これも、ソウルエッジのムービー再生で
なんとなくですが解りました。

> ・ピックアップがうるさくなった。

しっかりした音ですよね。
ウィーン、ウィーンという.....

> ・起動時間が遅くなった

許せないのがこれ。(^^;
無茶苦茶遅くなってます。初代はかなり早かったのに。
プロテクトなんでしょうが。(;_;)

> ・メモリーカードのアクセスが早くなった

これは有名ですね。

因みに私はRGB接続なのですが、
多少発色が変わったように思います。