とりあえず、DirectX5が入っている場合に追加できた画面モードは
以下の二つだけでした。(PC-9821As3で確認)
640×480,16bitcolor
1024×768,16bitcolor

つまりDirectX3のドライバの時と同じです。
800×600の設定が復活している事に期待したのですが、駄目でした。

# インストールに失敗した可能性もありますが(汗)

> レジストリを書き換えてみましたが、再起動後も設定は有効になりませんでした。DirectX５が入ってるせいでしょうか。
レジストリの「値」は合っていますか？

REGEDIT4

[HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Services\Class\DISPLAY\0000\MODES\16\1024,768]
@=""

このように、一番下のキー(regeditで見た場合"1024,768"という名前の奴)は
値を持っています。DirectX3以降のドライバでは「空の文字列」かもしれませんが、
キーの新規作製時にはそれすら入っていなかったような気がします。

# 古いドライバの場合は、ここに使用するドライバの名前が入っていたような。
# 今は色数に関係なく同じドライバを使用しているためか空欄のようです。

> DirextX５の削除はできないし、DirectX２をインストールしようとしても、バージョンチェックして古いものを上書きしないようになってるので、できませんでした。
このチェックのおかげで一度大変な目に遭いました(;_;) As3ではないですけど。

> 結局のところ、現在の装備での800x600x24は不可能、
> または限りなく危険である、ということなんでしょうか…
NaKaさんが書いておられるキュービジョンのドライバが入手できれば
確か大丈夫だったとおもうのですが、今となっては………
(これがDirectXに対応しているのかも、謎です(^^; )

> 640x480x24でも別に問題があるわけじゃないんですけどねぇ。
問題は無いけど、いまいち使いにくい……
一番悪いのはNECなんですけどね……