> アプリはインストールし直したんですが、やっぱり正常に動作しません。
> 消えてしまったファイルのみを書き込みたいんですが、どうすれば良いのでしょうか。
> もし知っていたら教えて欲しいです

消したアプリ（やファイル）と動かないアプリのリストを提示してくれると
詳しい人が何か教えてくれる可能性があります。
アプリってのはもしかしてメーカー品のプリインストールもんですか？
それだとまた対応が違ってくる場合が・・・

あるアプリ（と関係ファイル）を消して他のアプリにも影響があるというのは
消したファイルに共有ファイルがあった場合と思われますが、
（ビジュアルベーシックランタイムとか何かのドライバとか）
それらのインストールも心当たりがあればやってみたらどうでしょう？

上書きインストール（壊れたファイルだけインストール）は
ハードディスクをフォーマットせずにふつうにインストールすれば
インストールのガイドで選択できたはずです。