> とりあえずアダプテックの物にしようと思っています。

私は 2940U でし
現在 問題はありません。

> しかし同じAHA2940でもたくさんの種類があって何が違うのか解りません。
> UとWは解りますが他のAなどの意味が解りません。あと最初の数字は何を意味するのでしょうか（上記では2の部分）。

A ってのは、９８とＡＴの両方に対応しているってやつで、
２じゃなくて、３ってやつは、マルチチャネルです。

最近Ｕ２Ｗとかいうのも出ましたね。

> 取りあえずの目的は人から貰ったMO（かなり古い）とCDR（書き込み２倍速）の２つです。
> ならばそんなに高価なものでなくてPCIの物ならいいかなと思っていますが、それでもU-SCSIに対応しているようなバスマスタ式のほうがいいのでしょうか。
> あとU-SCSIのHDDはとても高価ですが、それほどEIDEと速度が違うのでしょうか。

違いはチップだけ というのがほとんどで、価格の差は
ＳＣＳＩの制御をするチップが高いってこってす。
たまに１００００回転とかあって高いけどね。
ＥＩＤＥだと１ドライブ普通ＭＡＸ８Ｇぐらいだけど、
ＳＣＳＩならもっといっぱいＯＫです。

マルチタスクなことをする人、ＵＮＩＸとかの人なら
ＳＣＳＩにするのがよいと思います。