どうも、お返事ありがとうございました。

> 1023M くらいにきってやれば、クラスタサイズ16kになってくれて、
> ちょうどいいんじゃないんでしょうか？
> 1024M になると、32kになります。
>
D:を1023M、E:を800M、F:を243Mと切りました。
ようやく切り方が分かってよかったです。

> コマンドプロンプトから、FDISK してください。って知ってるって？
> えーと、基本領域を1023Mで作って、残りを適当に割り振ってあげて、
> 最後に、２つのドライブを format すればいいでしょう。
>
FDISK自体は知っていたんですが、「基本」と「拡張」だけ見ていて「論理」を忘れていました。
道理でだめなわけですね。

> この場合 残念ながら、CD-ROM は D: に戻らないでしょう。
> それよりも、コントロールパネルで、Q:とかに割り振って、
> HDD増設しても、影響がないようにした方がいいのでは。

ご教示通りCDROMドライブはQ:にしました。
今の状態はA:(FDD)、C:(元のHDD)、D:、E:、F:(以上増設)、Q:(CDROM)となりました。

MSDOSマニュアルがあれば何ともない問題だったのでしょうが、何故かこのFMVにはなかったのでこのような質問となりました。