> その後FDISKが出来ないので困ってます。

どう出来ないの？
とりあえずこの文章の限りでは怪しいところはないような・・・
AwardBIOSなら、多分BIOSは自動でHDDを認識するはずだけど。

一応、ちょっと細かいことだけど。
プライマリのマスターに古いHDD、スレイブに新HDD、セカンダリマスターにCDのほうが何かといいはず。
ケーブルの取り回しが出来ないって言うんじゃなければ変更しましょう。