自己レスです^^;

> まず、COPYコマンドではディレクトリごとのコピーは出来ません。
> こういう時はXCOPYです。
> しかし、XCOPYでも、DOSではVFAT（ロングファイルネーム）でコピーされ
> ないので、\WindowsなどをまるごとコピーしたつもりでもWin95は動きません。

あ、Win95が動いてるのなら、95でコピーすればいいんでした。
ただし、仮想記憶を切るのを忘れないように。