試行錯誤の結果できました。
まったくもって意味不明な現象なんですが、DOS窓環境下でS3VBE20を実行してQUKAEを実行する事は変わりないのですが、何故かEXPLORERでこの2つを順に実行するとVESA2.0は無効になっていました。(PIFファイルにて)
EXPLORERでVESA実行→QUKAEをDOSコマンドで実行でもだめでした。

DOSのコマンドの直接入力もしくはFD(DOSのファイラー)で順に実行するとVESAは有効になりました。よってBATファイルを作成しそれに2つのコマンドを実行させる事によってできました。

なんなんでしょうかね？この現象．．．
思うにS3VBE20を実行した後にメモリーに一切アクセスさせないようにすればよかったって事みたいですが、謎です(^^

でも動いてくれてよかったです、ありがとうございます。