> 「神のもとではいかなる人間も平等である。」というキリスト教の教えがありながら、
> 何故ユダヤ人があそこまで迫害されていたのでしょう？

個人的には「神のもとでは（神を信じる）いかなる人間も平等である。」
と、いう教えだと思います。（ミッションスクールに６年間在籍しての
感想）
大体ユダヤ人に限らず異教徒を神の名のもとに殺しまくってたでしょ？
ユダヤ人を迫害することをローマ教皇も認めていたから人々も罪悪感も
感じなかったんでしょうね。

一神教は基本的に他の宗教に非寛容だと思います。その心情を理解する
ことは日本人には困難でしょう。
民族・宗教対立をなくすことはきっとできないだろう、と私は悲観的に
考えてます。