ここでいう「本当」が何を指すかが問題です。

ストーリーとか何を言いたいかは、観る側で変化します。
どこまで穿った観方をするかで変化します。

単純にストーリーを謎解きで解釈し、
補完計画が理解できれば終わりという人もいるし、
物事の全ては結局その人間の内部でどう処理されるかで決り、
世の中は個の集合であるという考えの提示だと観る面もあるし。

俺的な観方は、ストーリーに躍らされている観客の心理状態を生ませるモノ、
それがエヴァだと思っています。
それに気付けというメッセージ。
私的見解をここに載せてますので、御暇だったら観てください。
http://club.infopepper.or.jp/~innoinno/otaku/otakucol1.htm