サターンでも
ＢＧ同士、またはＢＧとポリゴンの半透明重ねあわせはかなり高度にでき
ます。よって、タイトルとか、メッセージウィンドウとかでよく使われます。
後、画面全体にかかる朝霧などのもやもやが、ラスタースクロールとかも
使ってうまく表現されてます（ＡＺＥＬとか）。

ポリゴン同士の半透明はできないことは無いようなのですが、処理時間が
かかるのと、回転させると透明度にむらがでて、ぎざぎざ模様ができて
しまうのであまり使われません。ぎざぎざ模様が出ても気にせず（？）
半透明ポリゴンを使っているソフトもいくつか知っています。
ポリゴンじゃなく、スプライトとして使うなら（拡大縮小のみを使う）、
変な模様が出ないので、ちょこっと使われることも多いです。
ただし、ポリゴン同士では半透明でも、ＢＧに対しては半透明にできなくて
変な感じになることもあります。

メッシュを使うと、処理時間もかかりませんし、ＢＧ、ポリゴン共に対して
半透明っぽくなるので便利なわけで、よく使われるのです。

グランディアの魔法エフェクトは、もっとこったことをしてそうです。
魔法の画像だけ別に作って、それをＢＧに転送するか、いっきに半透明
合成するかして重ねあわせているようです。よって、キャラとキャラの
間に魔法が来ることがないのじゃないでしょうか。

専門家じゃないので間違ってるかもしれないですが、だいたいこんなもの
でしょう。