このファイルの役割は ~/.Xdefaults と同じ。
~/.Xdefaults とは、xrdb でディスプレイに対してリソースを登録して「無い」場合に、XToolkit アプリケーションが起動時にサーバリソースデータベースとして読み込むファイルである。つまり、xrdb -query として、登録済リソースが表示されるような状況では、~/.Xdefaults は参照されない。
リソース設定を ~/.Xdefaults に書いておくと、各Xアプリケーションを実行したときに勝手に ~/.Xdefaults を読みにいってくれる。つまり、Xアプリケーションを実行すると最新の情報が反映されることになる。
一方、~/.Xresources は自動的に読み込まれることはないので、~/.xinitrc や ~/.xsession の最初の方に
xrdb -merge $HOME/.Xresources
と書いて、明示的にリソース設定を反映させる必要がある。このファイルを更新した場合も同じように xrdb でリソースを更新しなくてはならない。
と書くと、~/.Xdefaults に設定を書く方が便利そうに感じるが、Xクライアントを他のマシン上で実行している場合はローカルではなく、リモートの ~/.Xdefaults を読んでしまうという欠点がある。一方 ~/.Xresources に書くと、Xクライアントをローカルで実行しようとリモートで実行しようと、同じリソース設定が参照される。つまり、ディスプレイにプロパティとしてリソースを登録するのが xrdb コマンドなわけである。
リソースそのものの概念については ~/.Xdefaults を参照してほしい。