> つまり、マスターシステムはマーク３のパワーアップ版で、マスターシステム用と、マーク３用のソフトができるということですか？

そういうことです。ただ、マスターシステム専用ソフトというのは
ありません。それは、マーク３にオプションのＦＭ音源
をつけて、３Ｄ眼鏡も購入すれば、形はいびつになりますが
機能はマスターシステムとほぼ変わらなくなるからです。
思い出しましたが、ゲームとは関係ありませんがマスターシステムは
ソフトのカートリッジを差さないで電源を入れると、スペハリの音楽
と映像が流れました。（笑）
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> また、ＳＧー１０００とマーク２とマーク３とＳＣー３０００の間に互換性ありますか？

SG-1000のソフトは全てで使えます。
マーク２からのカード型（ＰＣＥのに似てる）のソフトは
SG-1000はアダプタで対応だったと思います。
マーク３は最上位互換機で、専用ソフトはカード型とカートリッジ型
とがありました（マスターシステムもしかり）。