> つまり、マスターシステムはマーク３のパワーアップ版で、マスターシステム用と、マーク３用のソフトができるということですか？

まあ、パワーアップ版なんですが、正確にはマーク３＋拡張機器を一つにまとめたものですね。
そして、ソフトは完全に共有できます。

ＦＭ音源対応のソフトの音楽がどう鳴るかの違いがあるだけです。
マーク３本体のみだとPSG音源だけのチープな音楽で、マスターシステムかマーク３＋ＦＭ音源ユニットならPSG＋ＦＭ音源の豪華な音楽が楽しめるということです。

ラピッドファイア機能は、マーク３だとパッドと本体の間にその機械を挟んで接続して、オンにすれば連射機能が働くというものです。
マスターシステムはこれが本体に内蔵されているだけで、ソフトの互換にはなんの影響もありません。

３Ｄグラス接続端子はマスターシステムには標準装備ですが、マーク３の場合は３Ｄグラスに付属のアダプタを使って接続します。
結局、３Ｄグラス対応のゲームを遊ぶには３Ｄグラスが必要なわけで、マーク３かマスターシステムかということは関係ありません。

> また、ＳＧー１０００とマーク２とマーク３とＳＣー３０００の間に互換性ありますか？

基本的に上のマシンなら下のマシン用のソフトは全て動くはずです。