ベクターデザインで、
VFATBAK: Win95をDOSでBACKUP/RESTORE
というソフトを見つけました。
http://www.vector.co.jp/vpack/browse/software/sn046828.html

＞VFATBAK は Windows が起動できない状況で、予めバックアップした内
＞容を DOS を使ってリストアできる、長いファイル名（LFN）対応のバッ
＞クアップ・ツールです。Windows 95、Windows NT 3.51/4.00 の VFAT
＞ドライブを復旧できます。

ということなので、ＤＯＳをインストール後（あるいＤＯＳの起動ディス
クで起動した後）これを使ってリストアすればよいのでは？

でも僕は使ったことがありません。どなたか試してみてください。
上手くいったら教えてね。

無責任なＴ．Ｋ．