> cgi-bin/cgiwrap/~j5306050/cgi.cgiというのはcgi wrapperを通して(？)

ひょっとしてパス間違ってません？
which perl で user/bin/perlと出てないですね？
user/local/bin/perlとしているから、サーバから通さないといけないのでは？

ちゃんとスクリプトの１行目も変えてますか？

それから僕の場合は、"Content-type: text/plain\n\n"を
"Content-type: text/html\n\n"としています。

僕もCGIに詳しくはないので、お節介な返事でしたらすいません．．