> CDROM Driveをプライマリーのスレイブにしなければ、あとの組み合わせは適当でいいと思います。
> あとはドライブレターを考慮して大きいDriveを先にもってくとか。
>
> ちなみに僕は
> プライマリーマスタ FireBall SE(6.4)
> プライマリ−スレイブ FireBall ST(2.1)
> セカンダリ−マスタ MaxtorのHDD（1.6)
> セカンダリ−スレイブ CDROM
> としています。CDROMの位置は、ものによって認識されないケースもでてくるので機をつけて下さい。

HDDも相性によっては認識されない可能性があるので、できれば同じ
インターフェース（プライマリ又はセカンダリ）には同じメーカーの
ドライブを付けるのが無難だと思います。
あと、スレーブに遅いドライブを付けるというのは基本ですね。