> それにはDirectＸ５が必要ってことで、入れたんですよ
> そんで、バーチャ２やろうとして起動したら
> ジョイスティックが使えなくなってしまったのです
> どなたかジョイスティック使えるようにする方法を教えて下さい
> ジョイスティックはホリ電機のやつです
> ちなみにＰＣはＰＣ９８２１Ｖ１６６Ｓ５です

http://www.microsoft.com/directx/resources/dx5necfix.htm

ここに、ジョイスティック関係のＰＣ−98用アップデートパッチがあります。
入れてやってみて下さい。

（うまくいくかどうかはわかりませんが。。。）

あとは、ＰＣ起動毎に、認識させる（ジョイスティックの調整を行う）とか。