僕も一番最初だけなりました。

ジョイパッドを設定し直したら正常動作しています。

原因不明。

ちなみにエラーが起こったのは
IF-SEGA＋マルコンのみ
PC用のアナログジョイスティックもサターン用のパッドもツインスティックもエラーなし。

コントロールパネルでジョイスティックを再設定してはいかがですか？