うちのマシンにはPDとCD-Rをつけています。
で選択の理由は以下のとおり。
＃多分参考にならないけど。。。

PDはMOと比べドライブが安い。＃ただし、アクセススピードが遅い。でもそう大量にバックアップはしない。

CD-Rの欠点は書き込み中は他の処理を一切できない(マウスカーソルを動かすことも!!)。
しかも書き換えできない。　＃CD-RWという選択もあるが、1万ほど高い。
長所は音楽CDを作りまくれる。
CD-ROMも作りまくれる。
人とのデータ交換も(渡すだけ？)容易。
値段は4万円から7万(RW)くらいで書き込みソフトによっても値段も違う。
＃東京ではもっと安いのだろうか？

HDDの欠点は４．３GBならばそれだけ書いたら終わりってこと。
＃そのパソコンでどれだけのデータ量を書きたいかによるけど。
あと壊れたときのショックがでかい!　
人とデータ交換ができない。
でも、アクセスが早い。

というわけで、どう使いたいかじゃないですか？
CD-Rははっきり言って使いづらいです。(マニアの持ち物かも)
僕は下のよう使い分けています。
　作りかけのデータ　　　　 ->　HDD
　取り合えず完成したら　　->　PD
　量がまとまったら　　　　　->　CD-R

やっぱりあまり参考にならなかったかも。。。
駄文で申し訳ない。