はずしているかもしれませんが、一応書きます。

ｚｉｐは、一部のＳＣＳＩボードでは起動時にメディアを挿入していないと
認識しなかったりします。
逆に起動時にメディアを挿入していると認識しなかったりする場合も
あるそうです。

あとは、一部のＳＣＳＩＨＤＤとの相性もあるようです
シーゲート系が多いそうです（私のは使えてますが・・・）
もしできたら、別のＨＤＤでもためしてみるとよいかもしれません

確かめた情報ではないし、もうすでにやっていたら　すみません