> ＩＦ−ＳＥＧＡ購入したのですが
> ＩＦ−ＳＥＧＡの設定の１コントローラーが
> ＷＩＮＳＯＷＳのコントローラー設定画面では２コントローラーになっているのですが？

コンパネ＞ゲームコントローラで、詳細＞変更を選び
コントローラIDの１をSEGA SATURN PADに合わせれば出来ると思うよ