たいへんですね．おつかれさまです．

> BIOSではCOM1,2しか殺せません。
> COM3はCOM1のシャドウなんでしょうか？
> 今一COM1,2とCOM3,4の関係が解らず苦労しています(^^;

モデムをCOM3に設定してBIOSでCOM1を殺した場合，モデムが
COM1に降りてくることはありません．そのままCOM3です．
COM1はCOM3とIRQを共有しているので，COM3に何か接続して
いるならCOM1を殺しておくと安心な訳です．BIOSによっては
'COM3''COM1/COM3'の表示があって，それをOFFにするもの
もあります．

とりあえず処方箋として

1.BIOSのCOM1/COM2の両方を切ります．Win95がCOM1/COM2を見つけた
場合は，削除せずに'使用不可'にします．
その後，モデムをCOM3/COM4のどちらかに設定して，Win95がモデム
が見つけるかどうかやってみてください．見つかった場合はダイアル動作
などを確認してみてください．

2.1.でダメな場合は，とりあえず，NICを外して一度モデムを復旧して
みましょう．その次にビデオ/モデム/NICのみでやってみてください．

3.NICとモデムのISAバス位置を交換するなども試してみてください．

4.3.でダメな場合は，あきらめてNICをPCIに買い換えましょう(笑)．
絶対PCIのほうがいいです．

あと，'モデムが使用不可'とのことですが，どういう状態でしょうか?

a.Win95がモデムを見つけられない
b.デバイスマネジャーで'!'マーク
c.モデムを見つけるがダイアリング動作しない(デバマネで正常)
d.ダイアリング動作するが繋がらない(不明なエラーなど)

また，NICとモデムは両方ISAだと思うのですが，PnP対応のものですか?
PnP対応の方が扱い難しいです(笑)