> ホームページ・ビルダー３.０はFTPはつかえますか？
> あとパーミションの設定などはできますか。

ＦＴＰは使えます。

パーミッションの設定はできます・・・・が、プロバ自体が変更できるように対応していないと駄目です。
ＣＧＩ許可しているとこでないとＵＰした後のパーミッション変更はできない訳ね。