> ・どの部分（理由）で相性が悪いのでしょうか？

OfficeのFindFast(ファイル検索用インデックス作成ツール？)のため、セットアップがうまく行かない可能性がある、とNU2.0のReadmeにはあります。
この手のツール(一太郎にも似たツールがあったはず)は大体システム系アプリと相性が悪いので、必要なければ外しておいたほうが安全ですね。

> ・解決するにはどうすればいいのでしょうか？

Officeを後で入れるのなら、上記の問題は関係ないわけですが・・・
DiskDoctorやSpeedDisk、SystemDoctorがうまく動作しなくなる可能性があるんで、セットアップ後にスタートアップからFindFastを外せばOkのはずです。
その他には、いかにもこれらのせいで、というトラブルは経験していません。