> BackbufferとFrontbaffaの待ちを行わないと
> パフォーマンスが良くなるらしいのですが、
> 実際問題としてそんなに違いが分かるほどなのでしょうか？

これもゲームによるのでは、と思います。
MOTORACER でいうと、MMX200以上の CPU なら
秒間 40フレーム以上はでますよね？
（ぼくは K6 なのでよくわかりませんが。)
普通の人間には 秒間40フレームが 50 に上がっても
体感ではあまりかわらないでしょう。
ただ、この設定は win.ini と、autoexec.bat に
記述するだけで有効になるので、やったほうがいいと思います。
デメリットについてはわかりません。あまり聞きませんし。

> ハイリフレッシュレートでのガンマ値の設定を有効にする？
> ガンマ値って何ですか？

簡単に言うと、画面の明るさってところでしょうか？

> 動作クロックを６２にしたら３Dfxのロゴで止まってしまった・・・ T_T
> ヒートシンクも付けた筈なのに・・・

ぼくは、486クーラーを３つ、チップに直接貼り付けてますよ。
ファンがついてる方が冷えるでしょう。ケース内の空気の循環がよければ
ヒートシンクだけでもよさそうですけどね。
あとは、カードの個体差でしょうか？