> 上書きしたりすると現れるこのファイル、
> 元のファイルとほとんど同じ内容なんですけど、
> どういった性質のものですか？
> （DOSに関係してる？）

バックアップファイルです。
元（変更前）の内容になってると思います。

> 運営するホームページをおいているプロバイダーの
> サーバー上のこのファイルを消すとやばい、
> ってことはわかったんですが・・・

そうなんですか？