> Ｍａｔｒｏｘは画面のプロパティーの設定でＷｉｎｄｏｗｓモニターと
> ＭＧＡモニターが選べますがＭＧＡモニターにしておくと
> いつのまにかＷｉｎｄｏｗｓモニターに戻されてることがあります。
> そうなると調整が台無しになっています。

これって、Windowsモニタに戻されているように見えても設定自体はそのまま使用できていると思いますが、どうでしょう？
私の把握している範囲だと、mga.binとmga.infの内容が一致しない場合にこうなったと思います。
ちなみに、
mga.mon(全モニタの設定、Textファイル)
　↓
mga.bin(上記のものをバイナリに変換したもの)
　↓
mga.inf(現在選択されているモニタの設定のみ)
となります。
で、mga.binの内容が変わってもmga.infの設定がそのまま使用されいる場合は、Windowsモニタがチェックされます。