必ずってのが気になりますが
基本的にjavaでの起動は少し時間がかかるようです。
止まったっておもっても二呼吸位待ってみましょ

で、登録したブックマークは
通常のアンインストールした場合は消えません。
再インストールすれば再び使えるようになります。

もっともディレクトリ毎消してしまえば無効ですが.....

あと新しいネスケを入れたい場合には
古い方をアンインストしてからインストした方が
よろしいようです。