> 最近ここでよく見かける，Monster３Ｄのクロックアップって
> どのようにやるんですか？
> ボードをみてもジャンパーなんかないですし，もしかしてソフト上で？

詳しくはVoodooJAPANあたりを参照してはどうでしょうか？
アドレスは
http://www.fsinet.or.jp/~tak/voodoo/
です