「ファイル名を指定して実行」でsyseditを起動してやると、主な環境ファイルの編集ができます。

無効にするのは、CONFIG,AUTOEXECではREM、*.iniではセミコロンを行の先頭に付けます。

レジストリほどじゃないけど、多少のリスクはありますよ。