AbaptecのカードとSeagateのHDDとの相性が悪かったそうで、IBMのHDDに変えると動き出したそうです。
以下はレスです。

> PA-2007ってSimm(5V)とDimm(3.3V)は共存できないのでは？

共存させて、なおかつ、SIMMのメモリアクセスタイミングをDIMMに合わせて動かしていたそうです。
SIMMは全バンクを使用し、DIMMは一番目のバンクのみを使用するといいそうです。

> あとVP2マザーとPermediaはメルコ製同士の組み合わせでも動かないと，メルコ自身が言っています.

NTは動かなかったが、95は動いていたそうです。