私の場合、ドライブを２つのパーティションにわけ、Ｃドライブは丸ごと
圧縮しています。Ｃドライブがアプリケーションインストール専用、
データやログは全てＤドライブです。メール関連とブラウザのブック
マークだけはProgram Filesのディレクトリから毎日タイマー起動で
バックアップをとっています。レジストリも定期的にバックアップを
とっておけばほぼ大丈夫でしょう。
ゲームなんかはＤドライブにおいて、クリアしたらデータファイルのみ
圧縮して保存します。
こうしておけば、いざトラブルというときに、最後の手段として、
Ｃドライブをフォーマットし直してWindows再インストールという手が
使えます。

ハードディスクに占める容量の９割以上はＯＳとアプリケーションですから、
トラブルが出たら再インストールするという覚悟さえあれば、ＨＤＤ容量が
少ない環境ではとても有効であると私は思います。
あと、想像ですが、ＣＰＵがむちゃくちゃ速ければ、圧縮していない
ときより読み込みが早くなるかもしれませんね。