> 　あれで大丈夫なのかな？ ツインスティックって左右独立して認識されている
> みたいだから、１台で２個なのです。。。

そのとおりです。要するに、左右のスティックが既にタコ足で繋がれている
状態です。

> > 　あと、ゲームポート専用ボードも有るにはありましたね。

本質的には何も変わらないと思います。
ゲームカードを増設した場合、サウンドカードのゲームポートを殺すことになるでしょう。
ポートの二つついているカードもありますが、ソフト側が対応してないと思います。