> 右下のタスクトレイ（時計やＩＭＥなどが表示されている所）
> の順番を変えたいのですが・・・。
これは、起動した順番に左から表示されるので起動順を調整すればいいのでは？
でもＩＭＥは一番最初に起動してしまうし、時計は右端にしか表示できないと思います。

> 後、タスクトレイから余計なアプリを外すにはどうすればいいのですか？
> レジストをいじってできるやり方か
> そのような事ができるオンラインソフトがあったら教えてください。
これはどういう事でしょうか？
ソフトウェアのアイコンならそのソフトを終了すればいいし、もし起動したまま
タスクトレイのアイコンを消したいのであればそれは不可能です。
そもそもタスクトレイにしか表示されていないソフトもあるのにそれを消してしまったら
その後、そのソフトのコントロールはどうするのですか？
あとWindows95が表示しているもの（IMEの鉛筆とかスピーカー等）なら必ず、
「タスクトレイにアイコンを表示する」というチェックボックスがあるはずです。
コントロールパネル等を探してみて下さい。