使い込むのであればどちらでもトータルのコストは
同じぐらいだと思います

使い方でアプリケーションや大きなデーターを
やりとりするのであればMOがメディアの安さ
安定性、容量でおすすめです

普段、アプリをバックアップしなかったり
FD以上のもう少しおおきなでーたー（３０MBぐらいの)
が中心でメディアを記録再生の繰り返しがおおいなら
あればZIPがおすすめになります

これからはHDDだけのバックアップが中心になるので
MOの必要性が少なくなって
普及はZIPの方が上がると思います

なので一般的にはZIPがおすすめになりますが
MOは使ってみて大きな容量を安心して
使えています（これがありがたく感じてきます）
（使ってみていいなあと思うところが多いです）
　
なので、私はどちらでもこれはと思える愛着をもてる
ZIPやMO機器があればどちらでも関係なく
購入するといいと思う