> 　Ｊａｖａについて詳しく知らないので宜しくお願いします。
> 　また、対抗策はあるのでしょうか？


javaは、そこまで凶悪なことは出来ないす。
今んとこ、ローカル（こっち）のハードディスクには多少のファイル操作もできるかできないかってところです。
レジストリは、いじれないはず。

やばいのは、
ＡＣＴＩＶＥ−Ｘです！
あれは、警告ダイアログが出るだけで、
結局ボタンを押しちゃったら、おじゃん！
レジストリいじられたり、
ハードディスクいじられたり、、、

ＩＥはそこいらがやばいと思います。