> 　先日友人から
> 「Ｊａｖａ（だったかな）を使って相手のＷｉｎｄｏｗｓレジストリを閲覧して簡単にパスワードとＩＤが盗まれるかもしれん。特にＩＥで！」
> 　と聞いたのですが、これは本当なのでしょうか？
> 　Ｊａｖａを使ってそんなにあっさりとやられてしまうのでしょうか？
> 　Ｊａｖａについて詳しく知らないので宜しくお願いします。
> 　また、対抗策はあるのでしょうか？

ＩＥ関係の危険性に関しては、ここに詳しく書かれています。

http://www.raidway.or.jp/~amikoman/ie.html

ｊａｖａを使用してのクラッキングに関しては、勉強不足でよくわかりません。
ごめんなさい。