しつこくてすんません。

> 上書き方法

単純に sed -f script data > data とするのは絶対ダメですよ。
data の中身が消えますんで。

X68000->zxr400:{56} foreach i ( * )
foreach? sed -f script $i > tmp
foreach? cp tmp $i
foreach? end

> 拡張子を変えて保存する方法

X68000->zxr400:{57} foreach i ( *.txt )
foreach? set a=`echo $i|sed s/txt/dat/`
foreach? sed -f script $i > $a
foreach? end

こんなもんですかね？

この系統の処理はちょっとめんどくさいですね。あとGNU findなら

% find . -name \* -exec sed -f script {} > "{}.sed" \;

に「カレントディレクトリのみ検索」という条件を付けるとできるかも。
もしかしたら xargs でもできるかもしれませんが、よく使い方がわかんない…。