>ＷＩＮ９５を、増設したＨＤＤにもインストールしなくてはダメなんですか？

それは絶対に無いです。

増設ドライブもＦＤＩＳＫ−ＦＯＲＭＡＴしました？
Ｗｉｎ９５上で再フォーマットするとなおるかも知れません。