まず、２９４０ＡＵとそれ以前の２９４０の違いですが、従来の２９４０に載っているコントローラーは
１６ビット(WideSCSI)と８ビット(普通のＳＣＳＩ)と兼用のチップです。
２９４０ＡＵに使われているコントローラーは新規に８ビット専用に開発した物です。
（ショップで聞いた話です、性能は従来のコントローラーと変わらずソフトは互換性が有るみたいです）
自分もＣＤ−Ｒ専用マシンに２９４０ＡＵを使っていて動作は安定していますが、ネットニュース
なんか見てると２９４０ＡＵより昔の２９４０Ｕの方が安定度が高いみたいな書き込みがありました。