> HPがこんでいるときカウンターがうまく働かなかったりJAVAがエラーになったりするんですけど解決策在りませんか？

もし、外部サーバーのカウンターサービスを受けているのならば、自分のとこのサーバーにCGIを置けば、多くの場合解決します。
自分のページがあるサーバーのカウンターCGIがそうなるのなら、解決策なしです。
サーバー管理者に談判しましょう。
最近は、ＯＳじゃなくてサーバーソフトにPerlインタプリタを内蔵している場合もあるから、そのプロバイダーで使えるなら試してみるのもよいでしょう。

JAVAの件は、スクリプトエラーかな？
JAVAスクリプトエラーは、希にありますけど、これはブラウザにもよりけりでは？
頻発するようならば、ブラウザやマシン環境に問題があるかも。