> ブートディスクを作ろうと思い(DOS GAME用）AUTOEXEC.batをメモ帳で作成しました。その際CD-ROMの組み込みでmscdex0001と書きました。
>
> 起動時などDOSでは0は中に点が入って表示されますが、0001の始めの0だけが違う字体で表示されます。後ろの二つの00は上記のように”点”入りの0として表示され000とは認識されませんでした。

mscdexのCD-ROM識別名のことですか？
あれは、8文字以内じゃないとだめだったような気がします。

> ちなみにCOMMAND.COMは英語版らしくC:\がC:/となっていました。
> ちなみにDOSレベルで編集すると問題は起きないのですが、
> これは私のマシンのみの問題なんでしょうか？

command.comに英語版も日本語版もないです。
日本語表示ドライバ、フォントドライバなどを入れると日本語が表示できるだけです。