> ＩＥでお気に入りを開こうとすると、タイトルのアレが出るときが結構あるのですがなぜでしょう？
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> やっぱアプリケーション起動数が多いときに出やすい感じがするのですが、メモリが足りないのでしょうか？

常駐アプリとの相性によってよく起きます。
ＮＥＣのインターネット巡回ソフト（名前？）との相性は最悪でした。
常駐アプリを１つずつはずしてみると、わかるかもしてません。