拡張スロットに差す番号を変えて見てください。

私のASUSTeKのTX-97Eでは、
SLOT #1・・・・EDGE 3D/4M
SLOT #2・・・・Millenium II/4M
SLOT #3・・・・PC-3DEngine
SLOT #4・・・・空き
で、共存できています、、、、。

このSLOT #1,#2を入れ替えると、EDGE 3Dが優先されてしまいます。