MS-DOSもwindows95もOSです。
ハードの違いを吸収し、基本的な機能をシステムコールという
形で提供します。

大きく違うところは見ためでわかるだろうけど、windowsはGUI
(グラフィカルユーザインタフェース)で、マルチタスクOS(大笑)
であり、MS-DOSはCUI(キャラクタユーザインタフェース)で、
シングルタスクOSだということ。

GUIならプログラムの起動は、マウスをクリックしたり、ファイルを
ドラッグしてアイコンに放り込むことで行われます。

CUIでのプログラムの起動は、コマンド名をタイプすればいい、
というわけです。
A:>DIR
とか
A:>TYPE ファイル名
とかね。

つまり方法が違うだけで本質的な機能はかわらないわけ。

まぁ、これだけの説明で理解しろってのは無理だけど
どっちもOSなんだってことをわかってほしいです。