キーボード等の外部入力機器は、「割り込み」と言われる手段で、入力を判断させています。
で、キーボードのように、通常のパッドではありえない割り込みをする入力機器があると、ＳＳはそれが一体何であるのかわからなくなります。それが、不具合に繋がります。
ゲームをする時は、保証されている外部機器以外は外しておくのが正解です。