> 先づ、シートフィード式の特長は、
> 省スペース
> セントロ接続による簡単な接続
> ＳＣＳＩボード不要なので数万円が浮く

↑これは機種によりますよ。ＳＣＳＩなら早いです。（ＩＤＥでも早いのがあるらしい）
省スペースについてですが、見た目が小降りでも、底面積が結構大きいモノが
ありますので、注意です。

> その一方で、読み取り時間が非常にかかる です。

読みとり時間は、接続方式によって変わります。むしろ留意すべき点は、
シートフィーダー方式は、フラットヘットに比べて読み込みが甘いようです。
これは、私の経験でもあり、雑誌にインプレッションでもそうみたいです。

> 対して、フラットベッド式は、
> 置き場所を確保しなくてはいけない。

キャノンやシャープ、ＮＥＣなどの小型フラットヘッドと、大きめの
シートフィーダーでは、同じくらいの底面積になります。
更に、原稿を置くトレイが、でしゃばったりするので注意です。
それから、シートフィーダでは、原稿を水平にスキャンするタイプ以外では
何回もトライすると、原稿が丸まってきます。水平タイプですが、
当然、原稿の入り口と出口の場所を取らなくてはなりません。
それに当然、プレスキャンが出来ません。

雑誌のグラビアなどを取り込むなら、精度でフラットヘッドがおすすめです。