> ペン入れしたイラストを取り込んで色をつけたいのですけど、解像度は
> どのぐらいがよろしいのでしょう？
> ちなみに私のパソコン、ペンチ１６６、メモリは４８Ｍ積んでます。

それだと、800×600がベストですね。

> あと、リサイズすると線が消えかけたりしますよね。
> あれってどうにもならないものなんですか？

なりません、仕様だと思いましょう。
回避方法としては太さを太くする程度しか無いです。

> マスクとかなんとか、今イチよく分かっていません…（；；）

ソレが出来ないと駄目でしょうね。

> 参考書とか探してみましたが、見つかりませんでした…。

えっと、参考書って言うか、解説書ならあります。
但し、高価ですよ。
書店でキチンと尋ねましたか？
本のカタログもある筈なので聞いて注文するのが宜しいかと。